Saat perguruan tinggi di Indonesia banyak melakukan pembenahan internal karena implementasi undang-undang No-12 Tahun 2012 yang diterapkan oleh Kemenristek Dikti Seperti rasio dosen dan mahasiswa, setiap prodi yang ada minimal memilki 6 (enam) dosen tetap yaitu tidak memilki NUPTK, Bukan PNS dan tidak terdaftar di perguruan tinggi lain–kendati implementasi kebijakan tersebut berimplikasi terhadap kesulitan memenuhi harapan undang-undang tersebut sehingga ada beberapa perguraun tinggi baik Negeri maupun swasta pada tahun 2014 sampai Desember 2015¬† masih berstatus non aktif.

Universitas Islam Madura yang konsisten dengan visinya yaitu menjadi perguruan tinggi handal dan berdaya saing serta berkarakter Islam ahlussunah wal jamaah, masih masuk daftar katagori perguruan tinggi sehat yang sesuai dengan standar perundang-undangan yang berlaku, hal ini bisa ditunjukan ketika banyak perguruan tinggi di Indonesia mendapatkan status non aktif, justeru Universitas Islam Madura terus melakukan pengembangan kelembagaan dan perubahan fisik gedung belajar yang megah berlantai tiga.

Dengan konsistensi pengelolaan dan komitmen yang tinggi terhadap standar peguruan tinggi maka pada tahun ini akademik 2016-2017 Universitas Islam Madura sudah mengantongi ijin dari Kemenristek Dikti untuk membuka 2 (dua) Program Studi sekaligus yaitu Pendidikan Biologi dan Ilmu Hukum, dan akan menyusul Program Studi Pendidikan Anak Usia Dini (S1) dan Program Studi Farmasi (D3). Dengan dibukanya 2 Program Studi tersebut diharapkan dapat menjawab harapan masyarakat Indonesia secara Umum dan Madura secara khusus sehingga menu pilihan untuk program studi bisa sesuai dengan kemampuan dan potensi yang dimilki oleh masyarakat.

Untuk memenuhi tuntutan kesempurnaan program studi yang ada maka untuk jangka panjang Universitas Islam Madura  sudah mengusulkan beberapa program studi diantaranya adalah Pendidikan Kimia (S1), Manajemen Pendidikan Islam (S1), Manajemen Dakwah (S1), Ekonomi Islam (S1), Perbankan Syariah (S1), Ilmu komunikasi Islam (S1).